Silent Hill 3 được phát triển bởi Team Silent, một nhóm sản xuất trực thuộc Konami Computer Entertainment Tokyo.[39][40][41] Quá trình phát triển phiên bản thứ ba trên PlayStation 2 được bắt đầu sau khi phát hành Silent Hill 2, được thực hiện gần như đồng thời với việc phát triển một bản Silent Hill khác dùng để khám phá một hướng đi khác cho thương hiệu và không phải là một phần chính của dòng game;[42] được gọi là Room 302, trò chơi này cuối cùng được hợp nhất vào phần chính của sê-ri với tên gọi Silent Hill 4: The Room. Nhóm phát triển cho công việc lặp đi lặp lại này nhỏ hơn so với việc phát triển Silent Hill 2, với khoảng 40 nhân viên làm game, tạo thành đội ngũ nòng cốt từ tựa game thứ hai và một số người mới đến.[43] Một nhóm nhân viên nhỏ hơn của Konami Computer Entertainment Tokyo về sau còn phát triển phiên bản chuyển thể cho Microsoft Windows.[44]

Giống như tất cả các phiên bản Silent Hill, Silent Hill 3 chịu một trong những ảnh hưởng đến từ bộ phim Jacob's Ladder:[43] một trong những nhà ga tàu điện ngầm được đặt tên là Trạm đường Bergen (Bergen Street Station), trạm mà Jacob hỏi thăm nằm ở khúc đầu của bộ phim.[7] Nhà phát triển cũng trích dẫn trong vô vàn tác phẩm của nhà văn kinh dị bậc thầy Stephen King như là một trong số những ảnh hưởng của họ.[43]

Silent Hill 3 kết hợp các tài liệu tham khảo được rút ra từ đời thực của những nam diễn viên và nữ diễn viên. Những người sáng tạo ban đầu đã đặt tên cho nhân vật chính là Heather "Helen", nhưng nó mang tiếng là quá cổ hủ và kiểu cách.[5] Sau đó họ quyết định rằng nhân vật sẽ được đặt theo tên nữ diễn viên lồng tiếng Heather Morris, người lồng tiếng cho nhân vật chính.[5] Heather được mô hình hóa dựa theo nữ diễn viên người Pháp Charlotte Gainsbourg và Vanessa Paradis trong một vài bản phác thảo thô sơ.[5] Sự xuất hiện của nhân vật nữ có thể điều khiển được trong phần này ảnh hưởng từ hai yếu tố: thứ nhất, nhà viết kịch bản Hiroyuki chán nhân vật chính là nam và thứ hai, một người đàn ông về mặt tự nhiên không thể nào là mẹ của "Chúa Trời".[5] Heather Morris, trong một cuộc phỏng vấn đã lưu ý rằng cô rất may mắn khi được vào vai chính trong Silent Hill, khi nó tạo cơ hội cho nữ diễn viên lồng tiếng "nhìn vào thế giới của một trò chơi điện tử". Morris đã rất ấn tượng với tài năng và sự sáng tạo của đội ngũ phát triển trong "một quá trình rất nghiêm ngặt nhằm tạo ra thế giới xung quanh tôi đã được đầu tư một khối lượng lớn công việc". Nữ diễn viên này đã mô tả nhân vật của mình là "một cô gái xinh xắn và hơi chút tomboy",[5] dù tuổi đời còn trẻ nhưng rất can đảm, kiên cường và thú vị. Tạp chí "Gambling" gọi đó là nữ anh hùng trong game thực tế nhất "mọi thời đại".[45]

Cái tên Douglas Cartland lấy từ tên nam diễn viên người Mỹ Douglas Fairbanks.[5] Nhà phát triển nói rằng tên của ông "dường như chỉ hợp với anh ấy" và chẳng có mối liên hệ nào trùng với tên anh. Trong quá trình phác thảo, nhân vật của anh đã được mô hình hóa dựa theo hai nam diễn viên Giancarlo Giannini và Ian Holm.[5] Nhóm thiết kế đã lưu ý rằng ngay cả trong phần thiết kế khái niệm về nhân vật Cartland được thiết kế như một thám tử tư tầm trung niên.

Nhân vật Claudia Wolf được coi là khó thiết kế nhất.[5] Những bản phác thảo đầu tiên tiết lộ rằng những người sáng tạo muốn bà ta ăn mặc giống như một người phụ nữ thánh thiện, và thỉnh thoảng có cái đầu bị cạo trọc và cơ thể đầy hình xăm.[5] Cuối cùng, những người sáng tạo quyết định dựng mô hình của bà ta dựa trên Julianne Moore và sau đó loại bỏ phần lông mày đi, do vậy bộ dạng có phần hơi nghiêng.[5] Bà ta ban đầu được đặt tên là "Christie", nhưng nó được cho là quá "dễ thương" và là nhân vật cuối cùng được đặt theo tên nữ diễn viên Claudia Cardinale.[5]

Cái tên Vincent có nguồn gốc từ tên của nam diễn viên Vincent Gallo vì vẻ ngoài mày râu xồm xoàng.[5] Mẫu thiết kế ban đầu dựa theo nam diễn viên Ethan Hawke và tập trung vào việc nắm bắt được bộ dạng trông "loạn trí và ủ rũ".[5]